In de 14e tot begin 16e eeuw telde Harderwijk ongeveer 3.000 inwoners. Voor hen bestond slechts één school, de parochieschool. Eind 13e eeuw zou er al een parochieschooltje verbonden zijn geweest aan de Sint Nicolaaskerk, waar jongens leerden lezen en schrijven en werden voorbereid op de koordienst. In 1440 kwam de school in handen van het stadsbestuur en werd stadsschool.

De stadsschool ontwikkelde zich, met behulp van fraters, tot Latijnse school, alleen bestemd voor jongens. De meeste vakken werden in het Latijn gegeven. Vanuit deze Latijnse school gingen leerlingen als student naar de universiteiten van Heidelberg, Leuven of Keulen. De school, gelegen aan de Bongerdsteeg/Kerkstraat raakte aan het eind van de 16e eeuw in verval. Het gebouw is nu volledig verdwenen. Bij de stadsbrand in 1503 werd de school ook getroffen. Men zegt dat het aantal dodelijke slachtoffers onder de leerlingen ongeveer 350 bedroeg. Aan dit aantal wordt toch sterk getwijfeld.

De school is later opnieuw opgebouwd en kreeg in 1600 van de Staten van het Kwartier van Veluwe, de titel van Gymnasium Illustre, een soort voorloper van een universiteit.

Als gevolg van de opkomst van het protestantisme werden in 1580 de kloosters eigendom van de stad. Het klooster van de Graue Susteren aan de Smeepoortstraat

In 1584 verhuisde de Staten van Gelderland de gewestelijke munt van Nijmegen naar Harderwijk, naar het voormalige klooster van de Graue Susteren aan de Smeepoortstraat. Dit klooster werd in 1582 verhuurd aan Johan van Schevickhaven, de muntmeester van graaf Willem van den Bergh, stadhouder van Gelderland. In de jaren 1582 en 1583 liet de stadhouder in Harderwijk eigen munten slaan. Nijmegen liep tijdens de Tachtigjarige Oorlog meer risico’s dan Harderwijk. In geval van nood kon je vanuit Harderwijk over zee of over land wegvluchten met de voorraad edelmetaal en munten. In de gewestelijke munt werden de officiële munten van een gewest geslagen. Zo’n muntinstelling gaf niet alleen prestige, maar ook werkgelegenheid. Vandaar dat Harderwijk bijzonder ingenomen was met de vestiging van de Gelderse Munt. Het bood de stad prestige maar ook werkgelegenheid.

Op 17 september 1806 werd de Gelderse Munt opgeheven door (de Franse) koning Lodewijk Napoleon. De Franse bezetters wilden van de Nederlandse gewesten een eenheid maken. Daarom kozen ze onder meer voor één rijksmunt, in Utrecht. De inventaris van de Gelderse Munt verhuisde dan ook naar die stad.

In 1517 publiceerde de Duitse monnik en professor in de theologie (godgeleerdheid) Maarten Luther (1483-1546) 95 stellingen. Die stellingen waren behoorlijk kritisch over de Rooms-Katholieke Kerk. Luther werd de Kerk uitgezet en stichtte de Lutherse Kerk. Dat was het begin van de reformatie, het ontstaan van de protestantse kerken. De meeste protestanten wilden in kerkgebouwen geen beelden, schilderijen van heiligen en altaren. Ze vonden dat afgoderij: een kerkgebouw moest eenvoudig zijn ingericht, zonder tierelantijnen.

Ook Harderwijk ging over tot het protestantisme. Rond 1566 verzetten Harderwijkers zich steeds openlijker tegen Filips II, koning van het Spaanse Rijk. Aangezet door hagenpredikers, waaronder Jan Aertsz Mandemaker, afkomstig uit Alkmaar, sloegen beeldenstormers toe in Harderwijk. Veel katholiek eigendommen, waaronder beelden, schilderijen van heiligen en altaren werden vernield en sieraden gestolen. Na deze beeldenstorm werden de bestaande kerken geschikt gemaakt voor meer sobere, protestantse kerkdiensten. Het Minderbroedersklooster werd van alle franje ontdaan. Daarna trokken de beeldenstormers naar de Grote Kerk, die toen nog Onze Lieve Vrouwekerk of Mariakerk heette. Na overleg konden de eenentwintig altaren en de meeste beelden in de nacht van 25 op 26 september worden weggehaald. Het kostbare hoogaltaar werd echter door de beeldenstormers vernield. Gelukkig bleven de fresco’s – muur- en plafondschilderingen – gespaard. Ze waren in 1561-1562 aangebracht door Ewolt van Delft en zijn dochter Agatha van Deventer. Een halve eeuw later heeft men er de witkwast overheen gehaald, zodat de kerkgangers tijdens de preek niet meer door de schilderingen werden afgeleid.

Ook werden het klooster en de kapel van het Catharinaklooster na de beeldenstorm gesloten. Vanaf 1600 werden er in de kapel collegezalen van het gymnasium gevestigd. Een tweede beeldenstorm deed zich voor in 1572, het fraterhuis en de bijbehorende kapel liepen toen veel schade op.

Na het vertrek van de Fransen in 1673 werd Willem III stadhouder. Hij overleed in 1702; kinderloos. Veel gewesten waaronder Gelre zaten zonder stadhouder. Met name in steden in Gelderland, waaronder Harderwijk, leidde dit tot de opleving van anti-orangistische gevoelens. De gilden en ambachtslieden eisten hun plek op in het lokale bestuur (‘nieuwe plooi’) tegenover de oude garde van orangisten (‘oude plooi’). Deze politieke strijd staat ook bekend als de Plooierijen (1702-1708) of Gelderse Plooierijen.

Patriotten waren burgers die de democratisering van het landsbestuur maar ook van de stedelijke magistraat wilden stimuleren. Ze wilden een eind maken aan de absolute macht van de stadhouder, de prins van Oranje-Nassau. In Harderwijk waren de orangisten vooral te vinden onder de vissers en militairen. De patriotten waren met name burgers, ( onder hen Jan Gelderman jr.)  schepenen, predikanten, veel rooms-katholieken en de meeste hoogleraren, onder wie Herman Daendels en Bernardus Nieuhoff. Ook de burgermeester was een patriot.

Toen in deze jaren een drietal schepenen vervangen werd door patriotten, wilde stadhouder Willem V met zijn ruiterij in 1787 voorkomen dat de stad in hun handen viel. Er braken onlusten uit en het plan van Willem werd afgeblazen. In het jaar daarop was het weer onrustig in de stad. Ruiten van 60 huizen van patriotten werden ingegooid, en negen huizen, met name in de Donkerstraat, werden geplunderd.

In 1787 probeerden de patriotten de macht over te nemen en de stadhouder af te zetten. Zij organiseerden zich in het hele land in ‘vrijkorpsen’, een soort verenigingen voor gewapende burgers. Willem V week uit naar Nijmegen.

Wilhelmina, de vrouw van stadhouder Willem V, vroeg uiteindelijk hulp aan haar broer. Die broer was de Pruisische koning Frederik Willem II. Op 13 september 1787 trokken Pruisische troepen de Republiek binnen om de patriotten uit te schakelen. Dat lukte zonder al te veel problemen. Door de Pruisische inval verlieten veel patriotten de Republiek en vluchtten naar Noord-Frankrijk. Onder hen de Harderwijker Jan Gelderman. Samen met Franse troepen kwamen ze in 1795 terug in het vaderland.

De Grote Kerk op het Kerkplein was vroeger veel groter en hoger dan tegenwoordig. Het was zelfs jarenlang de grootste kerk van Gelderland. Zij kende een 7- meter hoge toren. Op deze toren met een omtrek van 12 bij 12 meter werden ’s avonds takkenbossen in brand gestoken, zodat vissers in de nacht de weg naar hun woonplaats terug konden vinden.

In de 18e eeuw was de toren aan het verzakken. Aan de roep om hem op te knappen werd gehoor gegeven, maar niet deskundig genoeg. In 1797 stortte de toren met veel geraas in. Het halve schip volgde en later ook de noordmuur en zuidgevel met de klokken. Een van de muren die overeind was gebleven werd met een kanon bestookt, maar dat gebeurde niet zo nauwkeurig. Veel kogels ketsten af en beschadigden het dak van de kerk en woningen in de directe omgeving.

Het puin van de toren en de kerk lag nog geruime tijd vóór de kerk, geld voor een nieuwe toren was er niet. Op 1 maart accepteerde het stadsbestuur het aanbod van Heribert van Westervelt tot Salentijn, kleinzoon van burgemeester van Harderwijk, om de kerk op zijn kosten te laten herstellen. Deze Van Westervelt tot Salentijn. Met het geld van Van Westervelt werd een nieuwe westgevel gebouwd. De contouren van het verwoeste gedeelte van de kerk zijn te zien in het plaveisel van het Kerkplein.