Harderwijk onderdeel gewest Gelderland (1543 – ± 1795)

De Hanze werd in de loop van de 16e eeuw minder belangrijk; ze werkten niet meer goed samen en bovendien groeide de concurrentie van de Hollandse steden. Harderwijk raakte van een redelijke welvarend stad steeds meer op de achtergrond. De stad had te maken met brand, oorlogen en stormen. Bij de brand van 1503 brandde driekwart van de gebouwen in de stad af of leden schade en vele mensen kwamen om in de vlammenzee. In dezelfde eeuw werd in en rondom Harderwijk een aantal keren gevochten, waarbij de stad geplunderd werd. Ook woedden er in de jaren 1570 en 1580 diverse stormen op de Zuiderzee, die de muren aan de zeezijde flink beschadigden. He stadsbestuur probeerde de stad te herstellen door verhoging van belasting en hulp van buiten. Het herstel kwam met de komst van De Munt en een eeuw later met de vestiging van een eigen universiteit.

In deze periode wordt het hertogdom Gelre onderdeel van het Habsburgse Rijk, waar tegen zij in opstand komt in de 80-jarige oorlog. Hierna is Gelre en dus ook Harderwijk onderdeel van de Republiek der Zeven Verenigde Nederlanden.